تقوم الهيئة بالدور الرئيسى فى تأمين البيئة المصرية من أخطار التلوث الإشعاعي الذى قد ينتج من أنشطة أو حوادث نووية تؤدى إلى تلوث فى الهواء أو الماء أو التربة أو قد يصدر من المنشآت النووية فى الدول أو الأقاليم المحيطة بمصر أو قد ينشأ من تداول المواد المشعة واسعة الاستخدام فى مصر. وتتوافر لدى الهيئة الكوادر والخبرات الأساسية التى تساهم فى الحفاظ على البيئة من الملوثات الضارة للإنسان والحيوان والنبات وذلك عن طريق