على المستوى القومى
حرصت هيئة الطاقة الذرية منذ نشأتها على توثيق الروابط العلمية مع الهيئات البحثية العلمية والجامعات وذلك إما من خلال اتفاقيات تعاون ثنائية فى مجالات الاستخدامات السلمية للطاقة الذرية وتطبيقاتها أو من خلال مشاركة الكوادر العلمية من أبناء الهيئة مع نظائرهم فى الجامعات والهيئات البحثية فى البحوث وتدريب الكوادر البشرية وعقد الندوات والمؤتمرات المتخصصة فى كافة مجالات العلوم والتكنولوجيا النووية
تتعاون الهيئة من خلال مشروع المزارع التجريبية ووزارة الزراعة والوكالة الدولية للطاقة الذرية فى المشروع القومى للقضاء على ذبابة الفاكهة على مستوى الجمهورية باستخدام احدث التقنيات فى برنامج للمكافحة الشاملة الذى يعتمد على إطلاق الذكور العقيمة بالإشعاع
تقديم الدعم الفنى والاستشارى لجميع مراكز الطب النووى مع وضع أساليب وضوابط العمل لحماية العاملين والجمهور
تتعاون هيئة الطاقة الذرية مع أكاديمية البحث العلمي (صندوق العلوم والتنمية) فى عدد من المشروعات التطبيقية
تتعاون هيئة الطاقة الذرية مع مركز البحوث الزراعية فى وسائل تطبيق تكنولوجيا الإشعاع والقياسات النووية فى مجال الزراعة