تتعاون الهيئة بإشراف الوكالة الدولية للطاقة الذرية مع جميع الدول الأفريقية من خلال اتفاقية الأفرا. والأفرا هى اتفاقية بين الحكومات الأفريقية لتحقيق التعاون والتكامل على مستوى القارة لتطوير وتطبيق التكنولوجيا النووية من اجل السلام، تم توقيعها فى 4 أبريل سنة 1990، وتبلغ عدد الدول الأفريقية المشتركة بها 37 دولة من بينها مصر. تقدم الوكالة الدولية للطاقة الذرية من خلالها المساعدات للدول الأفريقية المشتركة عن طريق تقديم مشروعات مشتركة فى مجال الزراعة، مقاومة الآفات بالطرق النووية، المياه والإنتاج الحيوانى، العلاج بالإشعاع والطب النووى، الوقاية الإشعاعية، معالجة النفايات، المركبات الصيدلانية، صيانة الأجهزة النووية والطبية، الاختبارات اللاإتلافية، التعقيم بالإشعاع وأمان المفاعلات وغيرها، وتشمل هذه المساعدات الإمداد بالمستلزمات والخبراء بالإضافة إلي التدريب